API Specification Errors
Package Statistics

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Items Inspected

  Type Member
Package Class Iface Inner
Class
Inner
Iface
Field Constr Method
113 1005 333 286 32 1664 1505 10394

Breakdown of Errors

  Pkg Type Member
  NoCmt Tag Txt/Link Warn NoCmt Tag Txt/Link Warn NoCmt Tag Txt/Link Warn
Percent 9% 91% 13% -- 14% 7% 11% -- -- 12% 16% --
#w/Errs 10 103 15 -- 186 91 150 -- -- 1624 2246 --
Total# 113 1338 13881

Errors by Package

  Missing Comments Minor Errors
  Pkg Class/Iface Member Tag Text/Link Warning
All Packages 10 186 4326 1818 2411 0
org.biojava.bibliography -- -- -- 1 1 --
org.biojava.bio -- -- 6 1 14 --
org.biojava.bio.alignment -- 2 53 67 35 --
org.biojava.bio.annodb -- -- 5 8 -- --
org.biojava.bio.chromatogram -- -- 1 1 1 --
org.biojava.bio.chromatogram.graphic -- -- -- 9 35 --
org.biojava.bio.dist -- -- 3 7 17 --
org.biojava.bio.dp -- 10 96 57 13 --
org.biojava.bio.dp.onehead 1 -- 22 11 -- --
org.biojava.bio.dp.twohead 1 5 37 17 14 --
org.biojava.bio.gui -- 2 40 5 11 --
org.biojava.bio.gui.glyph -- -- 18 9 13 --
org.biojava.bio.gui.sequence -- 17 305 49 132 --
org.biojava.bio.gui.sequence.tracklayout -- -- 12 1 2 --
org.biojava.bio.molbio -- -- 7 1 2 --
org.biojava.bio.program -- -- 7 3 1 --
org.biojava.bio.program.abi -- -- 20 21 -- --
org.biojava.bio.program.blast2html -- -- 1 1 6 --
org.biojava.bio.program.das -- -- 41 2 -- --
org.biojava.bio.program.das.dasalignment -- -- -- 5 3 --
org.biojava.bio.program.das.dasstructure -- -- -- 1 1 --
org.biojava.bio.program.formats -- 5 4 2 -- --
org.biojava.bio.program.gff -- 1 33 35 37 --
org.biojava.bio.program.gff3 -- -- 19 19 3 --
org.biojava.bio.program.hmmer -- -- 16 7 6 --
org.biojava.bio.program.homologene -- 9 113 93 32 --
org.biojava.bio.program.indexdb -- -- 2 3 9 --
org.biojava.bio.program.phred -- -- 2 35 9 --
org.biojava.bio.program.sax -- -- -- 9 4 --
org.biojava.bio.program.sax.blastxml -- -- -- 2 8 --
org.biojava.bio.program.scf -- -- 5 2 2 --
org.biojava.bio.program.ssaha -- 1 17 5 -- --
org.biojava.bio.program.ssbind -- -- 20 2 8 --
org.biojava.bio.program.tagvalue -- 3 55 33 61 --
org.biojava.bio.program.unigene -- -- 3 6 -- --
org.biojava.bio.program.xff -- 3 31 18 2 --
org.biojava.bio.program.xml -- -- 11 1 -- --
org.biojava.bio.proteomics -- -- 50 26 14 --
org.biojava.bio.proteomics.aaindex -- -- -- 2 18 --
org.biojava.bio.search -- 2 57 6 13 --
org.biojava.bio.seq -- -- 127 179 86 --
org.biojava.bio.seq.db -- 5 66 29 12 --
org.biojava.bio.seq.db.biofetch -- -- -- 1 -- --
org.biojava.bio.seq.db.biosql -- 3 21 43 -- --
org.biojava.bio.seq.db.emblcd -- -- 6 4 -- --
org.biojava.bio.seq.db.flat -- -- 1 1 -- --
org.biojava.bio.seq.distributed -- -- 9 4 -- --
org.biojava.bio.seq.filter 1 -- 10 -- -- --
org.biojava.bio.seq.homol -- 2 7 3 4 --
org.biojava.bio.seq.impl -- 1 62 26 9 --
org.biojava.bio.seq.io -- 7 147 78 51 --
org.biojava.bio.seq.io.agave -- 31 248 90 64 --
org.biojava.bio.seq.io.filterxml -- -- 10 36 10 --
org.biojava.bio.seq.io.game -- -- 40 39 18 --
org.biojava.bio.seq.io.game12 -- -- 2 3 27 --
org.biojava.bio.seq.projection -- -- 23 9 5 --
org.biojava.bio.structure -- -- 148 39 151 --
org.biojava.bio.structure.align -- -- 59 18 12 --
org.biojava.bio.structure.align.helper -- 5 23 9 4 --
org.biojava.bio.structure.align.pairwise -- 3 93 12 27 --
org.biojava.bio.structure.gui -- -- 46 4 11 --
org.biojava.bio.structure.gui.events -- 2 8 1 -- --
org.biojava.bio.structure.gui.util -- 1 52 4 15 --
org.biojava.bio.structure.io -- -- 13 12 20 --
org.biojava.bio.structure.io.mmcif -- 1 41 11 10 --
org.biojava.bio.structure.io.mmcif.chem 1 -- 36 -- 10 --
org.biojava.bio.structure.io.mmcif.model -- 9 415 1 6 --
org.biojava.bio.structure.jama -- 1 -- 1 64 --
org.biojava.bio.structure.secstruc 1 3 30 10 7 --
org.biojava.bio.structure.server -- 7 45 19 18 --
org.biojava.bio.symbol -- 2 143 135 55 --
org.biojava.bio.taxa -- 1 23 8 5 --
org.biojava.directory -- -- 7 5 -- --
org.biojava.naming 1 2 15 2 -- --
org.biojava.ontology -- 3 70 10 23 --
org.biojava.ontology.io -- -- 1 3 1 --
org.biojava.ontology.obo 1 -- 51 5 9 --
org.biojava.stats.svm -- 4 95 8 6 --
org.biojava.stats.svm.tools -- 4 19 6 14 --
org.biojava.utils -- 8 142 52 21 --
org.biojava.utils.automata 1 7 37 6 -- --
org.biojava.utils.cache -- -- 13 3 1 --
org.biojava.utils.candy -- 1 3 20 -- --
org.biojava.utils.io -- 2 41 5 3 --
org.biojava.utils.lsid -- -- -- 8 2 --
org.biojava.utils.math -- -- -- 5 -- --
org.biojava.utils.net -- -- -- 1 -- --
org.biojava.utils.process -- -- -- 1 42 --
org.biojava.utils.regex -- -- 8 26 -- --
org.biojava.utils.stax -- -- 12 5 -- --
org.biojava.utils.walker 1 1 2 3 -- --
org.biojava.utils.xml -- 3 23 21 2 --
org.biojavax -- -- 23 32 164 --
org.biojavax.bio -- -- 13 11 58 --
org.biojavax.bio.alignment -- -- 2 7 4 --
org.biojavax.bio.alignment.blast -- -- 13 2 21 --
org.biojavax.bio.db -- -- 4 10 1 --
org.biojavax.bio.db.biosql -- 2 43 14 15 --
org.biojavax.bio.db.ncbi -- -- 4 23 12 --
org.biojavax.bio.phylo -- 3 5 1 -- --
org.biojavax.bio.phylo.io.nexus -- -- 105 8 19 --
org.biojavax.bio.phylo.io.phylip -- -- 5 2 1 --
org.biojavax.bio.seq -- 1 47 47 310 --
org.biojavax.bio.seq.io -- 1 366 7 232 --
org.biojavax.bio.taxa -- -- 13 10 53 --
org.biojavax.bio.taxa.io 1 -- 1 4 2 --
org.biojavax.ga -- -- 17 2 48 --
org.biojavax.ga.exception -- -- 2 1 2 --
org.biojavax.ga.functions -- -- 25 2 25 --
org.biojavax.ga.impl -- -- 21 1 4 --
org.biojavax.ga.util -- -- 2 1 7 --
org.biojavax.ontology -- -- 9 18 81 --
org.biojavax.utils -- -- 1 8 -- --

Explanation of Terms

Type
An outer class or interface.
Member
An inner class, inner interface, field, constructor, or method.